Zgodnie z art. 13 ustawy o Służbie Celnej działalność duszpasterska prowadzona jest na podstawie porozumień ministra właściwego do spraw finansów publicznych z przedstawicielami kościoła lub związku wyznaniowego. Komunikat o podpisaniu porozumienia jest publikowany w Dzienniku Urzędowym Ministra Finansów.
Duszpasterstwo Rzymsko-Katolickie
Duszpasterstwo Rzymsko-Katolickie Służby Celnej Rzeczypospolitej Polskiej zostało utworzone, w oparciu o prośbę Podsekretarza Stanu w Ministerstwie Finansów - Szefa Służby Celnej, uchwałą Zgromadzenia Plenarnego Konferencji Episkopatu Polski. Zostało włączone do Ordynariatu Polowego Wojska Polskiego. Organizację pracy duszpasterzy w Służbie Celnej określono w porozumieniu między Ministerstwem Finansów a Delegatem KEP ds. Służby Celnej.
Decyzją Biskupa Polowego WP gen. dyw. dr hab. Tadeusza Płoskiego mianowano kapelanów Służby Celnej koordynujących pracę duszpasterską w Izbach Celnych, a na szczeblu ministerialnym utworzono stanowisko dziekana Służby Celnej.
Kapelani Służby Celnej w Polsce:
Ks. Marcin Iżycki – dziekan w MF (siedziba) oraz kapelan w IC Warszawa, IC Łódź i IC Biała Podlaska;
Ks. Marian Midura – kapelan w IC Olsztyn (siedziba), IC Białystok, IC Gdynia i IC Toruń;
Ks. Radosław Kalinowski – kapelan w IC Poznań (siedziba) i IC Szczecin;
Ks. Krzysztof Skałkowski – kapelan w IC Przemyśl (siedziba), IC Kraków i IC Kielce;
Ks. Piotr Jakubuś – kapelan w IC Wrocław (siedziba), IC Katowice, IC Opole, IC Rzepin.
Duszpasterstwo Prawosławne
Organizację i funkcjonowanie prawosławnego duszpasterstwa w Służbie Celnej wytyczyło Porozumienie z 19 września 2010 roku zawarte w Białymstoku pomiędzy Ministrem Finansów a Delegatem Świętego Soboru Biskupów Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego.
Dekretem z 18.01.2011r. Biskup Jerzy, na prawosławnego kapelana Służby Celnej wyznaczył ks. Piotra Augustyńczuka. Zgodnie z Dekretem, ks. P. Augustyńczuk działalnością duszpasterską objął zasięg Izb Celnych w Białymstoku, w Olsztynie i w Gdyni.
